cDNA芯片可以检测待测样品中是否有与之互补的序列。将待测样品中的mRNA被提取后，通过反转录反应过程获得标记荧光的cDNA，与包含上千个基因的cDNA微阵列进行杂交反应16小时后，将玻片上未互补结合反应的片段洗去，再对玻片进行激光共聚焦扫描，测定微阵列上各点的荧光强度，推算出待测样品中各种基因的表达水平。
与传统的检测RNA表达水平的技术相比较，cDNA芯片具备高通量的优势，它越来越被研究人员应用于基因表达检测，通过定量监测大量基因表达水平在阐述也孔低亮此服工探义基因功能、探索疾病原因及机理、发现可能的诊断及治疗靶等方面。
