微生物群落是广泛存在于生态系统中的一种结构单位和功能单位，它们是生态系统内充满生气阿判经的一部分， 微生物群落中各种不同的种群能以有规律的方式共处，同时它们具有各自明显的营养和代谢类型。从某种意义上说， 微生物群落的发展导致了生物的发展。
人们对于微生物群落的认识多基于传统微生物学方法,并结合生物化学、分360百科子生物学和遗传学等方法,分析群落中可培养微生物分布与功能。但是,现在已培养的微生物可能不到自然界微生物总量的1%,大量未培养的微生物如同地球上的"暗物质",在相应生境中存在种类到底有多少,如何发挥功能,传统微生物学方法已经不能全面解答。