乾隆十七年(1752年)冬，助达瓦齐袭杀喇嘛达尔札夺取汗位，不久又与达瓦齐发生火并，被击败。
乾隆十九年秋，为借助清军之力翦除政敌，与杜尔伯特部台吉纳默库、和硕特台吉班珠尔率所部两万余人，归附清廷，封为亲王(后晋封双亲王)。
次年春，清军兵分两路进攻伊犁、征伐达瓦齐时，任定边左副将军。攻占伊犁后，他广结党羽，欲挟清廷封其为厄鲁特四部总汗。清廷以"行饮至礼"为名，准备召回处置。阿睦尔撒纳在前往热河途中，借口暂归治装，逃回塔尔巴哈台，唆使同伙乘机抢掠清军台站，袭击伊犁。清将班第兵败自杀，天山南北变乱复起。
乾隆二十一年三月，在清军追击下，阿睦尔撒纳逃往哈萨克。俄国遣使携信与其密谋，表示支持。同年冬，他潜回塔尔巴哈台，收集残部，自立为汗。同时，派达瓦使团向俄国求援，以永远臣服俄国为条件，要求俄国承认他为厄鲁特总汗，并在额尔齐斯河与斋桑泊之间修建要塞，以防清军进攻。
乾隆二十二年七月，被清军击溃，借道哈萨克投奔沙俄。受俄罗斯西伯利亚总督包庇，九月病死于托博尔斯克以东20俄里的库杜斯克酒厂(中天花而死)。